2月10日，上海生化細胞所陳玲玲研究員與上海生科院（健康院）計算生物學(xué)所楊力研究員受邀在《Trends Cell Biol》發(fā)表了題為“ALUternative Regulation for Gene Expression.”的綜述論文，系統總結了靈長(cháng)類(lèi)（包括人）基因組中特異的Alu短散在核重復序列（short interspersed nuclear elements）在基因表達過(guò)程中的重要調控作用。
45%的人類(lèi)基因組序列由轉座子來(lái)源的序列構成，其中很重要的一部分是短散在核重復序列（short interspersed nuclear elements, SINE）。在包括人在內的靈長(cháng)類(lèi)基因組中存在一類(lèi)特殊的SINE序列－Alu序列，其約300 bp長(cháng)。其中，人類(lèi)基因組中包含了超過(guò)一百萬(wàn)個(gè)的Alu序列，占據了人類(lèi)基因組超過(guò)11%的序列構成。Alu等重復序列在前期通常被認為是無(wú)用的“垃圾”序列，但是隨著(zhù)研究的深入，大量的證據表明Alu無(wú)論是在基因組進(jìn)化（DNA和轉錄調控水平），還是在遺傳信息的多樣性（表觀(guān)遺傳調控和RNA水平）都發(fā)揮重要的調控作用。有意思的是,Alu序列可以通過(guò)RNA Polymerase III獨立轉錄、或者是通過(guò)RNA Polymerase II共轉錄，產(chǎn)生各色各樣的RNA分子并發(fā)揮重要的基因表達
調控作用，例如,大量存在于內含子的Alu序列可以通過(guò)反向互補形成RNA配對結構（inverted repeated Alu sequences, IRAlus）調控環(huán)形RNA的生成加工，而人基因組中所蘊含的大量特殊Alu序列則是環(huán)形RNA在人中高表達的主要原因之一。發(fā)表在《Trends Cell Biol》上的這一特邀綜述論文，主要對上述多種Alu序列的重要調控新功能進(jìn)行了總結和展望。
陳玲玲研究組致力于長(cháng)非編碼RNA和環(huán)形RNA的代謝機制與功能作用研究，楊力研究組專(zhuān)注于轉錄組RNA計算生物學(xué)研究。近期通過(guò)合作，系統揭示了多種新型長(cháng)非編碼RNA，并全面揭示了這些特殊結構非編碼RNA生成加工的新機制及其潛在的重要生物學(xué)功能，極大地推動(dòng)了長(cháng)非編碼RNA研究領(lǐng)域的發(fā)展，其在Alu序列對環(huán)形RNA生成加工機制的合作研究處于該領(lǐng)域的國際領(lǐng)先水平（Zhang et al, Cell, 2014; Zhang et al, Cell Rep, 2016; Zhang et al, Genome Res, 2016; Dong et al, RNA Biol, 2017; etc），并多次撰寫(xiě)相關(guān)研究進(jìn)展綜述（Chen and Yang, RNA Biol, 2015; Yang, WIREs RNA, 2015; Chen, Nat Rev Mol Cell Biol, 2016; etc）。
相關(guān)研究獲得了中國科學(xué)院、科技部、國家自然科學(xué)基金委、以及上海市科委等的經(jīng)費支持。 (科技處)
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