2020年10月19日，國際學(xué)術(shù)期刊Nucleic Acids Research在線(xiàn)發(fā)布了中國科學(xué)院上海營(yíng)養與健康研究所（中國科學(xué)院-馬普學(xué)會(huì )計算生物學(xué)伙伴研究所）王澤峰研究組與生物醫學(xué)大數據中心合作開(kāi)發(fā)的專(zhuān)門(mén)提供各類(lèi)支持環(huán)狀RNA (circRNAs)翻譯證據的數據庫TransCirc（https://www.biosino.org/transcirc/），該數據庫通過(guò)整合多種組學(xué)數據來(lái)預測特定環(huán)狀RNA編碼蛋白質(zhì)的潛力并推斷其翻譯產(chǎn)物。文章題為“TransCirc: an interactive database for translatable circular RNAs based on multi-omics evidence”。
環(huán)形RNA是一類(lèi)由反向剪接形成的具有共價(jià)閉環(huán)解構的RNA，在真核生物中具有廣泛表達且保守的特點(diǎn)。由于其序列與對應線(xiàn)性RNA大部分重合，因此可以天然通過(guò)結合miRNA或RNA結合蛋白（RBP）來(lái)調控親本基因的表達。近年來(lái)的研究發(fā)現，定位在細胞質(zhì)中由外顯子構成的環(huán)形RNA也可以發(fā)揮類(lèi)似mRNA的作用來(lái)指導蛋白質(zhì)的翻譯，這類(lèi)非帽依賴(lài)性翻譯通常在應激反應（如癌癥發(fā)生過(guò)程）中上調，是細胞在翻譯水平上改變應激反應途徑的重要表現。
隨著(zhù)測序技術(shù)的發(fā)展，目前有大量的環(huán)形RNA被鑒定出來(lái)，與之不匹配的是為數不多的注釋數據庫，TransCirc就是針對這一需求構建的基于多組學(xué)證據的環(huán)狀RNA翻譯數據庫。目前，TransCirc中收錄了328080條人類(lèi)環(huán)狀RNA信息和七類(lèi)相關(guān)證據，其中：1) 核糖體譜（ribosome profiling）鑒定出與核糖體結合的環(huán)狀RNA共4284條；2) 含實(shí)驗鑒定的翻譯起始位點(diǎn)（TIS）、內部核糖體進(jìn)入位點(diǎn)（IRES）和N-6-甲基腺苷修飾位點(diǎn)（m6A）的環(huán)狀RNA分別有10058、314111和40324條；3) 274762條環(huán)狀RNA含環(huán)狀RNA特有編碼框（ORF），其推斷翻譯產(chǎn)物中機器學(xué)習預測可形成穩定蛋白質(zhì)和含質(zhì)譜數據（MS）直接支持的分別有194927和168條。除以上數據外，TransCirc還提供了友好的搜索/瀏覽界面及輔助分析軟件。TransCirc作為研究環(huán)狀RNA翻譯能力及其編碼肽段功能的重要資源，未來(lái)將收錄更多相關(guān)組學(xué)數據并將擴展覆蓋到其他非人物種。
中國科學(xué)院上海營(yíng)養與健康研究所王澤峰研究員和張國慶研究員為文章的共同通訊作者，黃文娣和凌鋆超為共同第一作者。上述研究工作得到了科技部國家重點(diǎn)研發(fā)計劃、中國科學(xué)院、國家自然科學(xué)基金委和上海市科學(xué)技術(shù)委員會(huì )等經(jīng)費的支持。（科技處）
原文鏈接：https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkaa823/5930392
圖：TransCirc界面示例
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