12月19日下午，中國科學(xué)院上海營(yíng)養與健康研究所所級科學(xué)數據中心舉辦了“空間轉錄組多模態(tài)數據可視化”培訓。此次培訓旨在幫助科研人員了解和掌握空間轉錄組技術(shù)、數據分析、可視化技術(shù)等。中心資深工程師曹瑞芳擔任主講人，她在多維組學(xué)數據管理及可視化方向工作方面具有豐富經(jīng)驗，并在Nucleic Acids Res, Science bulletin, Molecular biology and evolution等雜志發(fā)表論文10余篇。
SMDB（Spatial Multimodal Data Browser）是所級科學(xué)數據中心開(kāi)發(fā)的空間轉錄組數據多模態(tài)可視化工具，于5月22日在國際學(xué)術(shù)期刊Nucleic Acids Research在線(xiàn)發(fā)表。SMDB（https://www.biosino.org/smdb）工具支持研究人員對空間轉錄組等多模態(tài)數據在二維和三維空間中進(jìn)行交互式探索。在二維空間中，通過(guò)加載H&E染色圖像、基于基因表達的分子簇等，實(shí)現二維切片的分割以及基因表達特征邊界的識別，進(jìn)而推動(dòng)組織構成的分析。在三維空間中，為研究人員提供靈活過(guò)濾采樣點(diǎn)重建形態(tài)學(xué)可視化，同時(shí)還可利用高分辨率的分子亞型擴展解剖結構的精度。為了提升用戶(hù)體驗，SMDB提供了可定制的工作空間，用于互動(dòng)探索組織中的空間轉錄組采樣點(diǎn)。此外，還預置了國際知名腦科學(xué)研究機構Allen Institute的小鼠大腦解剖圖集，為鼠腦形態(tài)學(xué)研究提供方便快捷的參考，同時(shí)也為研究空間形態(tài)學(xué)和各種組織的生物功能之間的復雜關(guān)系提供了一個(gè)全面有效的一站式解決方案。
本次培訓，曹瑞芳首先介紹了空間轉錄組技術(shù)、數據分析、可視化工具SpatialLIBD、Giotto的背景知識，隨后詳細介紹了SMDB的相關(guān)技術(shù)，并進(jìn)行了在線(xiàn)演示。學(xué)員們積極參與，踴躍發(fā)言，并與曹瑞芳就SMDB二維可視化配準問(wèn)題、可接收的數據類(lèi)型等問(wèn)題進(jìn)行了深入交流和討論。此次培訓使學(xué)員們更深入地了解了所級科學(xué)數據中心提供的空間轉錄組多模態(tài)數據可視化服務(wù)，并為科學(xué)研究提供了有力支持。
營(yíng)養與健康所所級科學(xué)數據中心將繼續舉辦相關(guān)主題的培訓活動(dòng)，以幫助更多的科研人員了解中心提供的保全、保供、增值、代理等四類(lèi)服務(wù)。同時(shí)，所級科學(xué)數據中心也歡迎科研人員提出寶貴意見(jiàn)和建議，以進(jìn)一步完善和提升服務(wù)質(zhì)量。通過(guò)與科研人員的積極互動(dòng)和反饋，中心將不斷改進(jìn)服務(wù)流程和技術(shù)支持，以滿(mǎn)足科研人員的需求，為科研人員提供更加優(yōu)質(zhì)的服務(wù)。
曹瑞芳工程師作培訓報告
官方微信
