12月26日下午，中國科學(xué)院上海營(yíng)養與健康研究所所級科學(xué)數據中心舉辦了“微生物基因組數據的匯交與共享”培訓，旨在幫助科研人員了解和掌握微生物基因組數據匯交的概況和流程等。本次培訓由中心高級工程師劉婉擔任主講人，她在微生物以及合成生物學(xué)數據庫與數據倉庫工作方面具有豐富經(jīng)驗，參與國家重點(diǎn)研發(fā)計劃、國家自然科學(xué)基金重大研究計劃等多個(gè)項目，發(fā)表SCI期刊論文6篇。
劉婉首先介紹了微生物系統和基因組學(xué)數據庫（eLMSG）的設計理念、系統功能和數據匯交概況，隨后詳細介紹了微生物基因組數據的匯交流程，并進(jìn)行了在線(xiàn)演示。學(xué)員們積極參與，踴躍發(fā)言，與劉婉進(jìn)行了深入交流和討論。此次培訓使學(xué)員們更深入地了解了所級科學(xué)數據中心提供的微生物基因組數據的匯交與共享服務(wù)，并為科學(xué)研究提供了有力支持。
營(yíng)養與健康所所級科學(xué)數據中心將繼續舉辦相關(guān)主題的培訓活動(dòng)，以幫助更多的科研人員了解中心提供的保全、保供、增值、定制等四類(lèi)服務(wù)。同時(shí)，所級科學(xué)數據中心也歡迎科研人員提出寶貴意見(jiàn)和建議，以進(jìn)一步完善和提升服務(wù)質(zhì)量。通過(guò)與科研人員的積極互動(dòng)和反饋，中心將不斷改進(jìn)服務(wù)流程和技術(shù)支持，以滿(mǎn)足科研人員的需求，為科研人員提供更加優(yōu)質(zhì)的服務(wù)。
關(guān)于eLMSG數據庫：
eLMSG（eLibrary of Microbial Systematics and Genomics；http://www.biosino.org/elmsg）旨在建立經(jīng)過(guò)認證的系統分類(lèi)清晰的微生物分類(lèi)及基因組數據庫。該數據庫不僅整合了分類(lèi)學(xué)信息，還包括物種對應的基因組信息和表型信息(包括形態(tài)學(xué)、生理學(xué)、生物化學(xué)和酶學(xué)等)。首先，eLMSG的分類(lèi)系統是人工審編的，包括了所有生效發(fā)表的和部分有效發(fā)表的分類(lèi)學(xué)數據。每個(gè)分類(lèi)層級收集包括拉丁文名稱(chēng)、分類(lèi)學(xué)ID(NCBI taxonomy)、詞源、所在分類(lèi)層級、分類(lèi)家系、生效和/或有效發(fā)表年份、特征描述、典型分類(lèi)名稱(chēng)以及分類(lèi)歷史上的修改歷史等分類(lèi)學(xué)信息。其次，從文獻中提取和審編相關(guān)物種的表型數據將整合到eLMSG中進(jìn)行展示和檢索。最后，物種層級數據還包含16SrRNA基因和基因組序列的信息。物種層級的基因組數據收集了每個(gè)物種包括典型和非典型菌株的所有公開(kāi)可用的基因組數據，而且還提供標準化分析流程進(jìn)行重新注釋。綜上，eLMSG是一個(gè)研究微生物系統學(xué)和基因組學(xué)的綜合性平臺，對了解微生物分類(lèi)學(xué)、自然進(jìn)化過(guò)程和生態(tài)關(guān)系有非常重要的作用。
劉婉高級工程師作培訓報告
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